St. Bernardus Bryghus har en rig og fascinerende historie, der går tilbage til begyndelsen af 1900-tallet. Oprindeligt husede stedet en gruppe trappistmunke, der var flygtet fra Mont des Cats i Frankrig til Watou i Belgien for at undgå skattebetaling i deres hjemland. De slog sig ned på en gård, som de omdøbte til "Réfuge de Notre Dame de St Bernard" og begyndte at producere ost.
Efter at munkene senere vendte tilbage til Frankrig, overtog Evariste Deconinck mejeriet og udvidede produktionen. Men det var efter Anden Verdenskrig, at bryggeriets historie for alvor tog fart. Deconinck blev i 1946 inviteret af trappistmunkene fra Westvleteren til at brygge og markedsføre deres øl under licens. Brygmesteren Mathieu Szafranski, der havde polske rødder, bragte både opskrifter og den berømte St. Sixtus-gær til Watou, hvilket lagde grundstenen til bryggeriets succes.
I 1962 blev licensen med Westvleteren forlænget i 30 år, men i 1992 udløb aftalen endegyldigt, da trappistbryggerierne besluttede, at kun øl brygget inden for klostermurene kunne bære betegnelsen "Authentic Trappist Beer". Dette markerede en ny æra for bryggeriet, som derefter lancerede øl under St. Bernardus-navnet.
Efter en periode med usikkerhed overtog Hans Depypere bryggeriet i 1998 og moderniserede produktionen. Salget voksede fra nogle få tusinde hektoliter til omkring 33.000 hektoliter i 2013. Nye investeringer blev foretaget i tappelinjer, lagertanke og et større bryghus, hvilket fordoblede kapaciteten. Bryggeriet begyndte også at tilbyde guidede ture og overnatning i det historiske Brouwershuis.
I 2018 blev bryggeriets faciliteter yderligere udvidet med nye lagerbygninger, en butik og ’Bar Bernard’, en 360° rooftop-bar med smagsrum. I 2023 åbnede en ny produktionshal med forbedrede bæredygtige løsninger, og bryggeriet voksede til en årlig produktion på 50.000 hektoliter – svarende til 15 millioner flasker øl, der eksporteres til over 80 lande.
I dag er St. Bernardus Bryghus kendt som en af verdens førende producenter af belgiske klosterøl, med klassiske varianter som Abt 12, Prior 8 og Tripel. Med respekt for traditionen og en innovativ tilgang fortsætter bryggeriet med at dele sin passion for belgisk ølkultur med verden.