I 2006 undersøgte et antal lokale ølentusiaster på Fanø interessen for at etablere et bryggeri på øen, og i august 2006 var Fanø Bryghus en realitet.
Omkring 3.500 folkeaktier og et antal A-aktier muliggjorde at et tidligere elværk blev ombygget, og et 10 hl Kaspar Schulz fuldautomatisk bryggeanlæg med tilhørende gæringstanke og lagringstanke sørgede for en kapacitet på 180.000 liter øl.
Der blev også plads til en lille bar med udendørs serveringsområde. Desværre var økonomien allerede fra starten meget anstrengt.
Omkostningerne til etableringen blev væsentlig større end salget kunne bære. Efter to kapitaltilførsler og flere forskellige gode initiativer på at vende udviklingen, måtte Fanø Bryghus dreje nøglen om 23. december 2008.
Det esbjergensiske investeringsselskab E. Bank Lauridsen Holding A/S købte bryghuset i juni 2009 og bortforpagtede herefter varemærke, bygninger og produktionsudstyr til ejerkredsen bag Nørrebro Bryghus.
Bryggeriet genåbnede i juli samme år med Claus Winther som direktør. Bryghuset har siden udviklet sig til et af Danmarks mest anderkendte, bl.a. med hjælp fra flere amerikanske brygmestre, herunder Steve Rold,
som huserer på Fanø i dag.
I sommeren 2018 overtog E. Bank Lauridsen Holding A/S sammen med den lokale erhvervsmand, Henrik Styrup, driftsselskabet bag Fanø Bryghus, og ansatte i den forbindelse en ny direktør - Sofie Jansen, der bl.a. skal stå for en omdannelse og relancering af bryghusets bar- og caféområde.
Bryghuset er i en stor udvikling og deres øl nyder stor anerkendelse, hvilket de også gør sig fuldt fortjent til.